근로계약서에는 3.3% 공제 후 지급으로 명시되어 있으나 실제로는 세전 월급 총액을 지급받아온 경우, 이러한 계약 내용 불일치와 매장 운영 방식이 법적으로 어떤 문제가 있나요?