홈택스에서 부가가치세를 납부할 때는 전자신고분이면 「납부할 세액 조회·납부」, 서면신고분이면 **「자진납부」**를 선택해 결제하시면 됩니다.
납부기한이 지나면 전자신고분이라도 「납부할 세액 조회·납부」 대신 「자진납부」를 이용해야 할 수 있으므로 납부정보를 직접 입력해 납부내역을 확인하세요. 다만, 고지서를 받은 부가가치세 결정세액은 지정납부기한이 지나기 전이라면 금융회사 계좌 자동이체 납부가 가능하지만, 기한이 지난 세금은 자동이체로 납부할 수 없습니다.
카드로 납부하면 세금과 별도로 납부대행수수료가 발생할 수 있습니다. 안내 자료 기준으로 일반 납세자는 신용카드 0.7%, 체크카드 **0.4%**이며, 간이과세자는 각각 **0.4%, 0.15%**입니다. 홈택스 전자납부 이용시간은 안내 자료상 매일 오전 7시부터 오후 11시 30분까지이므로, 실제 납부 전 화면에서 이용 가능 여부를 확인하시는 편이 안전합니다.