농어촌특별세 자체를 면제해 달라는 별도 신청 절차가 있는 것은 아니며, 감면받는 세금의 종류와 감면 근거가 농어촌특별세법상 비과세 대상인지에 따라 처리됩니다. 비과세 대상이면 그 감면을 신고할 때 농어촌특별세를 계산하지 않고, 대상이 아니면 본세와 함께 신고·납부해야 합니다.
농어촌특별세법 제4조는 국가·지방자치단체에 대한 감면, 조세특례제한법상 중소기업 세액감면(제6조·제7조) 등 일정한 감면을 농어촌특별세 비과세 대상으로 정하고 있습니다. 따라서 먼저 본인이 받는 세액감면의 법적 근거 조항이 제4조의 비과세 항목에 포함되는지 확인해야 합니다. 감면을 받았다는 이유만으로 농어촌특별세까지 자동 면제되는 것은 아닙니다.
감면 신청이나 농어촌특별세 신고를 누락하거나 세액을 적게 신고·납부하면 관할 과세관청이 본세의 결정·경정 및 징수 절차에 따라 처리할 수 있습니다. 수정신고와 추가 납부는 원칙적으로 해당 본세의 수정신고 절차를 따릅니다.
결국 신청서 하나로 농어촌특별세 면제를 신청하는 방식이 아니라, 적용받으려는 본세 감면을 정해진 기한과 서류로 신청하고, 그 감면이 농어촌특별세법 제4조의 비과세 항목인지 신고 과정에서 함께 판정하는 구조입니다.