손해배상금 금액을 도급변경 계약서를 체결하여 공사미지급금과 상계처리할 때 수정세금계산서를 발급해야 하나요?

손해배상금이 실제 손해를 보전하는 금액이라면, 도급변경 계약서를 작성하고 공사미지급금과 상계하더라도 그 금액에 대해 수정세금계산서를 발급하지 않습니다. 다만 계약서상 ‘손해배상금’이라고 부르더라도 실질이 공사대금의 증액·감액이라면 수정세금계산서 발급 대상일 수 있습니다.

부가가치세는 재화나 용역의 공급에 대한 대가에 부과됩니다. 공사 지연에 따른 지체상금이나 계약 불이행으로 인한 손해배상금처럼 공급의 대가가 아닌 금액은 부가가치세 과세대상이 아니므로 세금계산서를 발급하지 않습니다. 미지급 공사대금과 상계하는 것은 채권·채무를 정산하는 방식일 뿐, 그 자체로 손해배상금을 공사대금으로 바꾸지는 않습니다.

반대로 도급변경 계약으로 공사 범위나 대가를 실제 조정하여 기존 공급가액이 증액·감액된 것이라면, 이는 손해배상이 아니라 공급가액 변동으로 보아 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다. 이 경우 부가가치세법 시행령 제70조제1항제3호에 따라 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 하고, 증액분은 정(+)으로, 감액분은 음(-)으로 발급합니다.

따라서 계약서 제목이나 상계 여부만으로 판단하지 말고, 금액이 공사와 별도로 발생한 손해의 배상인지, 아니면 공사대금·공사 범위 조정의 결과인지 확인하셔야 합니다. 계약서의 산정 근거, 공사 변경 내역, 손해 발생 사실과 계산 근거를 함께 정리해 두시면 거래의 실질을 설명하는 데 도움이 됩니다.