합병으로 소멸된 법인의 부가가치세 신고를 존속법인이 대신 제출할 수 있나요?

존속법인이 소멸법인의 부가가치세 신고서를 대신 제출할 수 있는지는 제출 방식까지 포함해 단정하기 어렵지만, 합병으로 소멸법인의 부가가치세 납부의무가 사라지는 것은 아닙니다. 합병 후 존속법인은 소멸법인이 납부할 국세를 승계하므로, 소멸법인 명의의 최종 신고가 누락되지 않도록 처리해야 합니다.

부가가치세법 시행령 제13조제4항은 합병 후 존속법인 또는 소멸법인이 법인합병신고서에 사업자등록증을 첨부해 소멸법인 관할 세무서에 폐업 사실을 신고하도록 정하고 있습니다. 이 규정은 폐업 사실 신고에 관한 것이므로, 존속법인이 소멸법인의 부가가치세 신고서를 어떤 자격과 방식으로 제출할 수 있는지까지 직접 정한 근거는 아닙니다.

한편 국세기본법 제23조에 따라 존속법인은 소멸법인에 부과되었거나 소멸법인이 납부할 국세와 강제징수비를 납부할 의무를 승계합니다. 따라서 신고 실무를 존속법인이 처리하더라도, 신고 대상은 소멸법인의 폐업일까지의 거래이고 소멸법인의 신고 의무가 면제되는 것은 아닙니다.

제출할 때는 소멸법인의 사업자등록번호와 폐업일을 기준으로 최종 신고를 작성하고, 존속법인이 제출하는 경우 신고서상 신고 주체·대리 권한 및 전자신고 가능 여부를 소멸법인 관할 세무서에 확인해 처리하시는 것이 안전합니다. 법인합병신고서 제출만으로 최종 부가가치세 신고까지 갈음되는 것은 아닙니다.