면세사업자인데 폐업 시 발생하는 철거 비용에 대해 부가가치세 공제가 가능한가요?

면세사업에만 사용하던 사업장을 폐업하면서 부담한 철거비의 부가가치세는 원칙적으로 매입세액 공제가 어렵습니다. 철거가 사업을 정리하기 위한 지출이라도, 그 비용이 면세사업과 관련된 매입세액이면 공제 대상에서 제외되기 때문입니다.

부가가치세법 제38조는 자기 사업을 위해 공급받은 재화·용역의 매입세액을 공제하도록 하지만, 제39조는 면세사업 등에 관련된 매입세액을 공제하지 않도록 정하고 있습니다. 따라서 철거업체가 세금계산서를 발급했더라도, 철거 용역이 면세사업에만 관련된 것이라면 세금계산서 수취만으로 공제받을 수는 없습니다.

다만 사업장이 과세사업에도 함께 사용되었거나, 철거 용역 중 일부가 과세사업에 직접 관련된 경우에는 그 관련 부분의 공제 여부를 별도로 검토할 수 있습니다. 이때는 사업장 사용 내역과 철거 용역의 범위 등 실제 사실관계가 중요합니다. 면세사업자가 면세를 포기하고 과세사업자로 적용받는 경우도 별도 요건과 절차가 있으므로, 폐업 직전의 철거비에 이를 소급해 적용할 수 있다고 단정할 수는 없습니다.

세금계산서와 철거 계약서·대금 지급 자료는 보관하시고, 철거 대상 사업장이 면세사업에만 쓰였는지 확인해 신고에 반영하시는 것이 좋습니다.