법인세 2차 수정신고 시, 1차 수정신고 금액을 기준으로 작성해야 하나요, 아니면 기존 수정신고 서식에 추가분만 반영해야 하나요?

2차 수정신고에는 1차 수정신고 후의 과세표준·세액을 현재 신고된 금액으로 놓고, 2차 수정까지 반영한 최종 과세표준·세액을 수정 신고 금액으로 기재하는 방식이 원칙에 맞습니다. 2차 수정분의 차액만을 최종 신고 금액처럼 적는 것은 아닙니다. 다만 추가로 납부할 세액은 최종 세액에서 이미 납부한 세액을 뺀 부족액입니다.

국세기본법 시행령 제25조는 수정신고서에 ‘당초 신고한 과세표준과 세액’ 및 ‘수정신고하는 과세표준과 세액’을 적도록 하고 있습니다. 2차 신고에서는 앞서 1차 수정신고로 신고한 내용이 현재 유효한 신고 내용이므로, 그 금액을 기준으로 이번 수정 후의 누적 최종 금액을 작성하고, 변경된 사유와 계산 내역을 구분해 정리하시면 됩니다.

예를 들어 최초 신고 세액이 100이고 1차 수정 후 130, 2차 수정 후 최종 세액이 150이라면, 2차 수정신고의 수정 후 세액은 150이고 이번 수정으로 늘어나는 세액은 20입니다. 실제 추가 납부액은 기납부·기납부 처리된 세액 등을 반영해 계산해야 합니다.

신고서와 첨부자료에는 최초 신고, 1차 수정신고, 이번 수정신고의 연결이 확인되도록 과세표준·세액 변동 내역을 대조해 두세요. 수정한 부분에 당초 신고 때 첨부한 서류가 있다면 수정된 서류도 첨부합니다. 추가 납부세액이 있으면 그 부족액과 해당 가산세를 함께 납부해야 합니다.

수정신고는 세무서장이 경정·결정해 통지하기 전이고 국세 부과제척기간이 끝나기 전까지 할 수 있습니다. 과소신고가산세 감면은 법정신고기한 후 수정신고 시점에 따라 적용될 수 있지만, 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우에는 감면되지 않을 수 있고, 감면 대상은 과소신고·초과환급신고가산세에 한정됩니다. 세무조사 착수 사실을 알았거나 과세자료 해명 통지를 받은 뒤 제출하는 경우 등은 미리 알고 신고한 경우에 해당할 수 있습니다.