부동산 임대 시 과세표준 계산할 때 기준시가와 감정가액 중 무엇을 사용하나요?

부가가치세 과세표준을 계산하시는 경우, 과세 임대와 면세 주택 임대를 함께 하고 임대료 구분이 불분명할 때 토지·건물 안분 기준은 감정가액이 아니라 기준시가입니다.

부가가치세법 시행령 제65조제4항은 임대료와 보증금 간주임대료를 토지와 건물에 먼저 나눈 뒤, 과세되는 임대면적 비율을 적용하도록 정합니다. 이때 토지가액·건물가액은 예정신고기간 또는 과세기간이 끝나는 날 현재의 소득세법상 기준시가를 사용합니다(부가가치세법 시행규칙 제48조제1항).

다만 이 기준은 임대료 구분이 불분명한 과세 임대와 면세 주택 임대의 공급가액 안분에 관한 것입니다. 상가 임대료처럼 과세 임대의 대가가 구분되어 있으면 실제 임대료를 기준으로 과세표준을 산정하며, 기준시가나 감정가액으로 임대료 자체를 정하는 것은 아닙니다. 보증금을 받는 경우 간주임대료가 별도로 계산될 수 있습니다.

따라서 질문하신 상황이 부가가치세 계산이라면, 토지·건물 가액을 나누는 데에는 기준시가를 적용하고 감정가액을 선택하는 방식은 아닙니다. 다만 상속·증여세에서 임대 중인 부동산의 가액을 평가하는 문제라면 기준이 다릅니다.