특수고용직 종사자가 고용관계 없이 독립적으로 계속 용역을 제공하고 사업소득을 받는 경우, 지급자는 소득세 3%를 원천징수하고 개인지방소득세 0.3%를 별도로 함께 징수하는 것이 일반적입니다. 다만 ‘특수고용직’이라는 명칭만으로 세율이 정해지는 것은 아니며, 실제 일하는 방식과 소득의 성격에 따라 달라집니다.
사업소득으로 원천징수하는 지급자는 지급 시 소득세를 떼고 사업소득 원천징수영수증을 발급해야 합니다. 원천징수한 소득세는 원칙적으로 징수한 달의 다음 달 10일까지 신고·납부하며, 개인지방소득세도 소득세 원천징수와 함께 특별징수합니다. 반기 납부는 별도의 승인 등 요건을 갖춘 경우에만 적용될 수 있습니다.
원천징수된 금액은 최종 세금이 아니라 미리 낸 세금으로, 종합소득세 신고 때 기납부세액으로 반영될 수 있습니다. 실제 소득 구분은 계약서 명칭보다 업무 지휘·감독 여부, 독립성, 계속성 등을 종합해 판단해야 합니다.