지자체에서 받는 시설분담금은 이름만으로 과세 여부가 정해지지 않으며, 재화·용역을 제공한 대가인지에 따라 부가가치세 과세 여부가 달라집니다.
따라서 협약서·사업계획서에서 사업자가 지자체에 제공하기로 한 시설이나 용역이 있는지, 시설의 결과물이 지자체에 귀속되는지, 지급액이 그 제공의 대가인지 확인하셔야 합니다. 사업자가 자기 책임과 계산으로 공사·운영을 수행하고 그 결과물을 지자체에 제공하는 구조라면 과세될 가능성이 높습니다. 반대로 대가관계 없이 비용을 지원받는 구조라면 과세대상이 아닐 수 있습니다.
부가가치세법 제4조는 사업자의 재화·용역 공급을 과세 대상으로 하고, 제29조는 공급과 직접 관련되지 않은 국고·공공보조금을 공급가액에 포함하지 않도록 정합니다. 다만 시설분담금이 공사대금이나 위탁용역 대가의 일부라면 단순한 지원금으로 보기는 어렵습니다. 실제 판단은 지급 근거와 정산 방식, 업무·시설의 귀속 관계를 함께 살펴야 합니다.