수입 시 관세의 과세가격만 의제매입세액공제를 해주는 이유가 무엇이며, 관세나 간접세는 왜 제외되는지 궁금합니다.

수입 면세농산물의 의제매입세액은 관세 과세가격을 기준으로 계산하고, 관세·개별소비세 등 수입 때 함께 부과되는 세금은 그 계산에 포함하지 않습니다. 다만, 왜 세금을 제외하도록 정했는지에 관한 별도의 입법 취지는 제공된 근거만으로 단정하기 어렵고, 확인되는 법령상 계산 기준을 설명드리겠습니다.

부가가치세법 제42조는 면세농산물 등을 원재료로 사용해 부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급하는 경우, 일정 한도 안에서 그 농산물 등의 가액에 공제율을 곱한 금액을 매입세액으로 공제하도록 합니다. 수입 면세농산물의 가액을 계산할 때는 부가가치세법 시행규칙 제56조제1항에 따라 관세의 과세가격을 사용합니다.

여기서 관세 과세가격은 수입물품 자체의 가격을 기준으로 하는 금액입니다. 반면 수입 부가가치세의 과세표준은 부가가치세법 제29조제2항에 따라 관세 과세가격에 관세와 개별소비세·주세 등 열거된 세금을 더해 계산합니다. 두 계산은 목적과 기준이 다르므로, 수입 부가가치세 과세표준에 세금이 포함된다고 해서 그 세금까지 의제매입세액 계산의 농산물 가액에 포함되는 것은 아닙니다.

따라서 수입 농산물의 의제매입세액은 원칙적으로 관세 과세가격 × 해당 업종의 공제율로 계산하며, 관세나 그 밖의 간접세를 더해 공제액을 산정하지 않습니다. 공제 대상이 되려면 수입품이 법령상 면세농산물 등에 해당하고, 이를 원재료로 만든 재화나 용역의 공급이 과세되어야 하며, 공제한도도 지켜야 합니다. 이 기준은 2026년 현재 제공된 법령 내용에 따른 것입니다.