원천징수된 지방소득세를 잘못된 지방자치단체에 납부한 경우 누가 정정해야 하나요?

잘못된 지방자치단체에 납부한 특별징수 지방소득세는 원칙적으로 특별징수의무자, 보통 급여를 지급한 회사가 정정해야 합니다. 근로자가 직접 다른 지방자치단체에 다시 납부하는 방식은 아닙니다.

「지방세법」 제103조의13제3항은 특별징수의무자가 지방자치단체별 특별징수세액의 오류를 발견하면 과부족분을 해당 지방자치단체에 납부할 특별징수세액에서 가감하도록 정하고 있습니다. 따라서 회사는 급여 공제 내역과 실제 납부 내역을 대조해 어느 지방자치단체에 초과 납부했고 어느 곳에 부족하게 납부했는지 확인한 뒤 정산해야 합니다. 추가 납부액을 이 방식으로 가감하는 경우에는 해당 추가 납부액에 가산세를 부과하지 않고, 환급하는 세액에도 지방세환급가산금을 지급하지 않는다고 규정되어 있습니다.

다만, 앞으로 납부할 특별징수세액이 없거나 납세자가 조정·환급을 원하지 않는 경우에는 특별징수세액에서 조정하지 않고, 과오납된 지방자치단체에서 환급하는 절차를 이용할 수 있습니다. 이때 납세자는 특별징수의무자를 거쳐 지방자치단체에 환급을 신청할 수 있고, 특별징수의무자도 지방자치단체에 환급을 신청할 수 있습니다.

실무적으로는 회사에 급여명세서와 지방소득세 납부 내역을 제시해 특별징수세액의 납세지 및 지방자치단체별 납부 오류를 확인하고 정정하도록 요청하시면 됩니다. 근로소득에 대한 지방소득세는 원칙적으로 근무지를 관할하는 지방자치단체가 납세지입니다. 회사가 이미 납부한 뒤 발생한 오류인지, 급여에서 잘못 공제한 오류인지에 따라 정산 경로가 달라질 수 있으므로 두 내역을 구분해 확인해야 합니다.