올해 1월 퇴사자의 연말정산 소득세가 2월 원천징수이행상황신고서에는 포함되나 급여대장에는 누락된 경우, 소득세 선급금 추가 및 잡이익 차감으로 처리해야 하나요?

퇴사자 소득세를 급여대장에서 누락한 채 원천징수이행상황신고서에만 반영했다면, 소득세 선급금과 잡이익으로 맞추기보다 퇴사자 연말정산 내역과 급여대장을 먼저 대사·수정하고, 실제 정산 성격에 맞는 예수금 또는 환급받을 금액으로 처리하시는 것이 맞습니다.

원천징수이행상황신고서에 금액이 있다는 사실만으로 회사의 수익이나 선급금이 생기는 것은 아닙니다. 그 소득세가 직원 급여에서 추가로 공제된 금액인지, 회사가 직원에게 환급해 준 금액인지, 세무서에서 환급받을 금액인지에 따라 장부 처리가 달라집니다. 이를 잡이익으로 처리하면 직원과의 정산이나 세무서 환급 관계가 장부에 제대로 남지 않을 수 있습니다.

먼저 확인할 내용

• 퇴사자 최종 급여 지급 때 해당 과세기간의 근로소득을 정산했는지 확인하세요. 소득세법 제134조는 퇴직자의 퇴직하는 달 근로소득을 지급할 때 연말정산 절차에 따라 원천징수하도록 정하고 있습니다.
• 연말정산 계산서, 퇴직자에게 실제 지급한 최종 급여·환급액, 급여대장, 원천징수이행상황신고서의 금액을 서로 맞춰 보세요.
• 퇴사자의 정산 금액이 신고서에는 반영됐지만 급여대장에 빠졌다면, 급여대장과 관련 회계전표를 정정해 실제 직원과의 정산 내역이 장부에도 나타나도록 하는 것이 우선입니다.

회계처리 방향

• 직원 급여에서 소득세를 공제했지만 장부에서 빠진 경우: 급여대장과 분개를 정정해 공제액을 예수금으로 반영하고, 실제 납부 내역과 대사합니다.
• 회사가 직원에게 연말정산 환급금을 지급했고 세무서에서 돌려받거나 원천세와 상계할 금액이 남은 경우: 직원에게 지급한 금액과 환급·상계받을 금액을 구분해 미수금 등 적절한 채권 계정으로 기록하고, 원천징수 신고 내역과 맞춥니다.
• 직원에게 추가 납부세액을 급여에서 공제한 경우: 그 금액은 회사의 이익이 아니라 직원에게서 걷어 납부할 세금이므로 잡이익으로 처리하지 않습니다.

따라서 ‘소득세 선급금 추가, 반대계정은 잡이익 차감’이라는 일괄 분개는 권하기 어렵습니다. 실제로 세무서에 납부한 금액, 직원에게 지급하거나 공제한 금액, 신고서상 환급·상계액을 기준으로 누락된 급여대장과 분개를 바로잡으세요. 신고서의 지급액이나 세액 자체가 잘못된 경우에는 신고서도 수정해야 하며, 신고는 맞고 장부만 누락된 경우라면 회계장부 정정이 핵심입니다.

급여대장과 원천징수이행상황신고서는 서로 다른 자료이므로, 신고서에 반영됐다는 이유만으로 급여대장을 생략하거나 잡이익으로 차액을 맞추지는 않는 것이 좋습니다.