지자체 지원금으로 배관망을 설치할 때 공사 결과물이 회사에 귀속되지 않는 경우, 세금계산서를 발행하지 않아도 된다는 법령은 어디를 참고해야 하나요?

공사 결과물이 회사에 귀속되지 않는다는 사실만으로 세금계산서를 발급하지 않아도 된다는 조항이 있는 것은 아닙니다. 핵심은 회사가 지자체에 재화나 용역을 공급했는지, 지원금이 그 공급의 대가인지입니다.

• 부가가치세법 제4조는 사업자가 재화·용역을 공급하는 거래 등에 부가가치세를 과세한다고 정합니다.
• 같은 법 제29조제5항제4호는 재화·용역 공급과 직접 관련되지 않은 국고보조금·공공보조금을 공급가액에 포함하지 않도록 합니다. 따라서 지원금이 별도의 공급 대가가 아닌 재정지원이라면, 그 지원금 자체를 과세표준에 넣지 않는 근거가 됩니다.
• 같은 법 제32조제1항의 세금계산서 발급 의무는 부가가치세가 면제되는 공급을 제외한 재화·용역 공급이 있을 때 적용됩니다.

따라서 말씀하신 것처럼 지자체가 공사를 발주하거나 결과물을 인수하지 않고, 회사가 자기 책임으로 배관망을 설치·보유·운영하며 지자체가 경제성 미달지역의 투자비를 지원하는 구조라면, 그 지원금이 회사가 지자체에 공급한 공사·용역의 대가가 아니라는 점을 근거로 지원금에 대한 세금계산서를 발급하지 않는다고 판단할 수 있습니다. 다만 결론의 근거는 ‘결과물이 회사에 귀속되지 않아서’가 아니라, 실제로 지자체에 대한 과세 공급이 없고 지원금이 그 대가가 아니라는 데 있습니다.

협약서와 정산자료에서 지자체의 공사 발주·검수·인수 의무, 회사의 지자체 상대 용역 제공 의무, 지원금이 공사비나 성과물 대가로 지급되는 구조가 있는지 확인해 두세요. 세금계산서 발급 여부는 계약서의 명칭보다 실제 거래 내용으로 판단합니다. 시공사가 회사에 제공한 공사용역은 별도 거래이므로, 시공사가 회사에 발급하는 세금계산서와는 구분해야 합니다.