말씀하신 것처럼 다른 업체가 만든 물건을 받아 조선소에서 단순히 설치만 하는 일이라면, 실제 작업 내용만으로 제조업이라고 보기는 어렵고 설치공사 등으로 분류될 가능성이 큽니다. 사업자등록증에 제조업으로 적혀 있다는 사실만으로 세무상 업종이 확정되지는 않습니다.
부가가치세에서 사업 구분은 특별한 규정이 없는 한 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류를 기준으로 합니다(부가가치세법 시행령 제4조). 제조업은 보통 원재료에 물리적·화학적 작용을 가해 다른 성질의 제품을 만드는 활동입니다. 반면 이미 만들어진 물건을 받아 설치만 하는 것은 그 자체로 제조활동과 다릅니다.
제조업으로 볼 수 있는 예외도 있습니다. 사업자가 자기 제품을 상시 생산하고, 그 제품 구매자와의 계약에 따라 자기 제품을 직접 설치하는 경우에는 설치공사를 제조업에 포함할 수 있습니다. 다만 설치공사 도급에 다른 공사까지 함께 포함되면 이 특례가 적용되지 않습니다(산업재해보상보험법 시행규칙 제4조). 질문처럼 다른 업체의 물건을 받아 설치하는 하청 작업이라면, 이 예외와는 사실관계가 달라 보입니다. 이 규정은 산재보험상 업종 적용 특례이므로, 세무상 업종 분류를 자동으로 결정하는 규정은 아닙니다.
따라서 계약서·작업지시서·세금계산서의 거래 내용과 실제 업무를 살펴 설치 대상이 선박의 어떤 부분인지, 설치 외에 제작·가공·조립이나 다른 공사도 하는지에 따라 업종을 판단해야 합니다. 현재 제공된 자료만으로는 조선소의 해당 설치작업에 적용할 구체적인 한국표준산업분류나 사업자 업종코드를 확정하기 어렵습니다. 제조업으로 등록되어 있더라도 실제로는 설치만 한다면, 실제 업무와 등록 업종이 일치하는지 세무서의 업종 분류 기준에 따라 정정 필요성을 검토하시는 것이 좋습니다.