국제선 항공권의 항공운송 요금 자체에는 영세율(부가가치세 0%)이 적용되므로, 그 요금에 포함된 매입세액은 공제할 수 없습니다. 사업 관련 출장이라도 공제할 부가가치세액이 없기 때문입니다.
다만 영세율은 면세와 달리 과세 거래에 0% 세율을 적용하는 것입니다. 따라서 “영업과 관련이 있어도 매입세액 공제가 안 된다”기보다는, 항공운임에 부가가치세가 붙지 않아 공제할 매입세액이 없는 경우라고 이해하시면 정확합니다. 사업 관련성은 매입세액이 실제로 발생한 다른 비용의 공제 여부를 판단할 때 의미가 있습니다.
항공권 금액에 운임 외 별도 비용이 함께 표시되어 있다면 항목별로 부가가치세가 실제 구분되어 있는지 살펴보세요. 별도 부가가치세가 있고, 사업에 사용한 비용이며, 공제 가능한 증빙과 요건을 갖춘 경우에는 그 항목을 따로 판단할 수 있습니다. 항공권을 출장에 사용했다는 사실만으로 항공운임에 매입세액이 생기는 것은 아닙니다.
부가가치세법 제23조는 외국항행용역에 영세율을 적용하고, 제38조는 사업을 위해 공급받은 재화·용역의 매입세액을 공제하도록 정합니다. 다만 세금계산서 미수취 등 제39조의 불공제 사유에 해당하면 실제 부가가치세가 표시된 항목도 공제가 제한될 수 있습니다.