면세사업자는 부가가치세는 내지 않지만, 전체 세금까지 일반과세자보다 적다고 단정할 수는 없습니다. 면세 여부는 공급하는 재화·용역에 대한 부가가치세 처리이고, 사업소득에 대한 소득세까지 면제해 주는 제도는 아닙니다.
면세사업자는 매출에 부가가치세를 붙이지 않는 대신, 사업에 사용한 물건이나 서비스 구입 때 부담한 부가가치세도 원칙적으로 공제·환급받지 못해 원가에 포함될 수 있습니다. 반면 일반과세자는 과세 매출의 매출세액에서 사업에 사용한 매입세액을 공제해 납부세액을 계산합니다. 다만 사업과 무관한 지출, 면세사업 관련 지출 등 법에서 정한 매입세액은 공제되지 않습니다.
따라서 매입이 적고 인건비 비중이 큰 사업은 면세가 유리할 수 있지만, 설비·재료 등 부가가치세가 붙는 매입이 많으면 공제받지 못한 세금이 원가에 쌓여 꼭 유리하지 않을 수 있습니다. 소비자에게 부가가치세를 따로 받지 않는 점도 가격에 영향을 줄 수 있습니다.
결국 비교할 때는 부가가치세만 보지 말고, 사업의 면세 해당 여부와 매출·매입 구조, 소득세 부담을 함께 살펴보셔야 합니다. 면세 대상은 법에 정해진 재화·용역에 한정되므로, 사업 내용에 따라 과세 여부가 달라질 수 있습니다.