12억원을 초과하는 1세대 1주택의 경우 양도차익을 어떻게 나누어 과세하나요?

1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 주택이라도 양도가액이 12억원을 초과하면, 전체 양도차익 중 ‘양도가액에서 12억원을 초과한 비율’에 해당하는 부분만 과세 계산에 반영합니다. 기준은 2021년 12월 8일 이후 양도분입니다.

「소득세법」 제89조제1항제3호는 주택과 부수토지의 실지거래가액 합계가 12억원을 초과하는 고가주택을 전액 비과세 대상에서 제외하고, 제95조제3항 및 같은 법 시행령 제160조제1항은 과세대상 양도차익을 다음과 같이 계산하도록 합니다.

• 과세대상 양도차익 = 전체 양도차익 × (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액
• 과세대상 장기보유특별공제액 = 전체 장기보유특별공제액 × (양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액

예를 들어 양도가액이 15억원이면 초과분 비율은 (15억원−12억원)÷15억원, 즉 **20%**입니다. 전체 양도차익이 5억원이라면 과세 계산에 반영되는 양도차익은 5억원×20%인 1억원입니다. 장기보유특별공제도 먼저 해당 주택의 보유·거주기간에 따른 전체 공제액을 구한 뒤 그 **20%**를 반영합니다.

이후 과세대상 양도차익에서 과세대상 장기보유특별공제액을 빼 양도소득금액을 계산하고, 양도소득 기본공제 등을 반영해 과세표준과 세액을 산출합니다. 따라서 12억원 초과액 자체에 세율을 곱하는 것은 아니며, 초과 비율을 양도차익과 장기보유특별공제액에 각각 적용하는 방식입니다.

이 방식은 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 고가주택을 전제로 합니다. 양도일 현재 1세대 1주택 등 비과세 요건을 충족하지 못하면 일반적인 양도차익 계산이 적용될 수 있습니다. 또한 주택과 부수토지의 보유기간이 다르거나 일부만 양도하는 경우에는 시행령에 따른 안분 계산이 필요할 수 있습니다.