대표이사가 법인에서 받는 보수가 모두 상여로 소득처분되는 것은 아닙니다. 정상적인 급여·보수는 그 자체로 소득처분 대상이 아니며, 이익처분으로 지급했거나 정해진 지급기준을 초과한 상여 등은 손금불산입 또는 상여처분 문제가 생길 수 있습니다.
상여처분된 금액은 대표이사의 근로소득으로 보아 원천징수 문제가 생길 수 있습니다. 법인이 소득금액변동통지를 받은 경우 원천징수·납부를 이행하지 않으면 법인에 원천징수세액과 가산세가 부과될 수 있고, 경우에 따라 대표이사에게 직접 징수될 수도 있습니다. 따라서 보수 결의서·정관·급여 지급기준과 실제 지급 내역을 함께 대조해 판단하시는 것이 좋습니다.