23년 9월 매입세금계산서 관련 대손세액공제를 위해 25년 2기 부가세 수정신고를 한 매입자인데, 종합소득세 대손금 반영을 25년 귀속으로 수정신고해야 하는지 아니면 26년 귀속으로 진행해도 되는지 궁금합니다.

매입자이시고 대금을 지급하지 않은 사유로 2025년 제2기 부가가치세를 수정신고하신 것이라면, 그 사실만으로 종합소득세에 대손금을 반영하거나 2025년 귀속 신고를 수정할 사유는 아닙니다.

이번 부가가치세 처리는 공급자가 대손세액공제를 받은 경우 매입자가 그에 해당하는 금액을 매입세액에서 차감하는 절차로 보입니다. 이는 매입자의 매출채권이 회수불능이 된 경우와 다르므로, 매입자인 질문자님이 종합소득세상 대손금을 계상하는 사안은 아닙니다. 따라서 그 금액을 2026년 귀속으로 미뤄 대손금 처리하는 것도 적절하지 않습니다.

다만 대금을 아직 지급하지 않은 것과 채무가 면제되거나 소멸한 것은 구분해야 합니다. 단순 미지급 상태라면 미지급금·매입채무가 남아 있는 것이고, 채권자가 채무를 면제하거나 다른 사유로 채무가 실제 소멸했다면 사업 관련 채무면제·소멸에 따른 수입금액 문제가 생길 수 있습니다. 이 경우에는 실제 채무가 면제·소멸한 과세기간을 따져야 하며, 부가가치세 수정신고를 한 시점만으로 귀속연도가 정해지지는 않습니다.

따라서 현재 확인된 사실만으로는 종합소득세를 2025년 귀속으로 수정하거나 2026년 귀속 대손금으로 처리할 필요가 있다고 보기 어렵습니다. 부가가치세 수정신고서에서 차감한 항목이 공급자의 대손세액에 대응하는 매입세액인지 확인하시고, 장부에는 매입채무가 실제로 면제·소멸했는지와 그 시점을 구분해 반영하셔야 합니다. 사업 관련 채무가 면제·소멸한 경우에는 소득세법 시행령 제51조제3항제4호에 따라 총수입금액 산입 여부를 검토합니다.