면세사업자가 나라장터에서 부가가치세 과세 물품을 사업용으로 구매하면, 대금에 포함된 부가가치세를 판매자에게 부담하지만 일반적으로 매입세액으로 공제하거나 환급받을 수는 없습니다.
나라장터를 이용했다는 이유로 세금 처리가 달라지지는 않습니다. 물품 공급이 과세 거래라면 견적·계약·세금계산서에 표시된 공급가액과 부가가치세를 함께 지급하고, 그 부가가치세는 면세사업자의 비용 또는 취득원가에 포함해 처리하는 것이 기본입니다. 예를 들어 면세사업에 사용하는 비품을 구입했다면 부가가치세를 별도로 돌려받는 방식이 아니라 비품의 취득원가에 더합니다. 면세사업 관련 소모품·운영비라면 부가가치세를 포함한 금액을 해당 비용으로 처리합니다.
이는 매입세액 공제가 사업에 사용하기 위한 매입을 전제로 하더라도, 면세사업에 관련된 매입세액은 공제 대상에서 제외하기 때문입니다. 부가가치세법 제38조는 공제되는 매입세액의 범위를 정하고, 제39조는 면세사업 등에 관련된 매입세액을 공제하지 않는다고 규정합니다.
다만, 물품 자체가 면세 대상이거나 거래 조건상 부가가치세가 붙지 않는 경우에는 세금계산서·계약서에 표시된 거래 내용을 확인해야 합니다. 과세사업과 면세사업을 함께 하는 사업자가 물품을 두 사업에 공동으로 사용한다면, 면세사업에 쓰이는 부분까지 전액 공제할 수 있다고 단정할 수는 없습니다. 실제 사용처와 증빙을 기준으로 구분해 검토해야 합니다.
구매 후에는 세금계산서와 계약·검수·대금 지급 자료를 보관하고, 회계장부에는 공제받지 못하는 부가가치세를 해당 비용이나 자산 취득원가에 반영하세요. 법인이라면 자산 취득인지 당기 비용인지 회계처리도 함께 확인하시는 것이 좋습니다.