주거용 면세사업자라도 주택임대 수입금액이 연간 2천만원 이하라면 분리과세를 선택할 수 있고, 이 경우 실제 지출한 비용을 따로 경비로 빼는 것이 아니라 정해진 필요경비율을 적용합니다.
여기서 부가가치세 면세사업자라는 뜻과 소득세 면제는 다릅니다. 주택임대소득은 요건에 따라 소득세 신고 대상이 될 수 있으며, 분리과세를 선택하면 다음 방식으로 소득금액을 계산합니다.
등록임대주택의 60% 필요경비율을 적용하려면 사업자 임대주택 요건과 임대료·보증금 증가율 5% 이하 등 법령상 요건을 충족해야 합니다. 단순히 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 했다는 이유만으로 60%율이 적용되는 것은 아닙니다. 과세기간 중 등록과 미등록 상태가 바뀌었다면 등록 기간에 발생한 수입과 미등록 기간의 수입을 나누어 계산합니다.
분리과세 대상은 총수입금액이 2천만원 이하인 주택임대소득입니다. 이 금액을 초과하면 다른 종합과세 대상 소득과 합산하는 방식으로 신고해야 합니다. 분리과세를 선택하면 계산된 과세표준에 14% 세율을 적용하고, 소형주택 임대사업자 세액감면 요건을 갖춘 경우에는 해당 감면을 검토할 수 있습니다. 소득세와 별도로 개인지방소득세도 소득세 납부세액의 10% 상당액이 부과됩니다.
소득이 발생한 다음 해 종합소득세 신고 때 분리과세 여부와 등록임대주택 요건을 반영해야 합니다. 따라서 실제 수선비·이자·재산세 등을 지출했더라도 분리과세 계산에서는 그 금액을 실제 필요경비로 하나씩 공제하지 않습니다. 실제 비용을 반영하는 방식과 정률 필요경비를 적용하는 분리과세 중 어느 쪽이 유리한지는 다른 소득과 공제·감면 등을 포함해 비교해야 합니다.