기업부설연구소 인정이 취소되면 연구·인력개발비 세액공제는 언제부터 제한되나요?

연구소 인정이 취소되면 세액공제 제한이 시작되는 날은 취소 사유에 따라 취소일 또는 해당 과세연도 개시일로 달라집니다. 기준일 이후 발생한 비용에는 연구·인력개발비 세액공제를 적용할 수 없습니다.

「조세특례제한법」 제10조제6항 및 같은 법 시행령 제9조제18항·제19항에 따른 구분은 다음과 같습니다.

• 거짓·부정한 방법으로 인정받은 경우(관련 법률의 해당 취소 사유): 인정일이 속하는 과세연도의 개시일부터 공제가 제한됩니다. 취소가 그해 중에 이루어져도 해당 과세연도 초부터 제한될 수 있습니다.
• 일부 취소 사유(기업부설연구소 등의 연구개발 지원에 관한 법률 제8조제1항제2호부터 제5호까지 및 제8호부터 제10호까지): 인정취소일부터 제한됩니다.
• 연구개발활동이 없거나 준수사항 위반 등 일부 취소 사유(같은 법 제8조제1항제6호·제7호): 인정취소일이 속하는 과세연도의 개시일부터 제한됩니다.
• 기업부설창작연구소·기업창작전담부서의 취소도 취소 사유에 따라 기준일이 달라집니다. 위 시행령은 문화산업진흥 기본법 제17조의3제4항제1호에 따른 취소는 인정일이 속한 과세연도의 개시일, 제2호에 따른 취소는 취소일이 속한 과세연도의 개시일을 기준으로 정하고 있습니다.

따라서 취소 통지를 받으면 통지서에 적힌 취소 근거 조항·취소 사유·취소일을 확인한 뒤, 해당 기준일부터 발생한 연구개발비의 공제 여부를 다시 검토하셔야 합니다. 취소 사유가 어느 조항에 해당하는지 불분명하면 기준일을 단정하기 어렵습니다. 세액공제를 신청하기 전에 지출 비용이 공제 대상인지 국세청에 사전심사를 요청할 수도 있습니다.