소득세법상 종합소득 과세표준에 적용하는 기본세율을 사용하지만, 본인의 다른 소득을 합산해 실제 종합소득 과세표준을 만든 뒤 그 세율을 정하는 방식은 아닙니다. 직장공제회 초과반환금 특례 계산에서 정한 금액을 납입연수로 나눈 1년분 금액을 기준으로 기본세율을 적용합니다.
계산 순서는 다음과 같습니다.
따라서 이 특례 계산에서는 다른 근로소득·사업소득 등을 더해 실제 종합소득 과세표준 구간을 다시 정하는 것이 아니라, 위와 같이 나눈 금액에 기본세율을 적용합니다. 직장공제회 초과반환금은 종합소득 과세표준에 합산하지 않는 소득으로 규정되어 있습니다(소득세법 제14조제3항제3호).
그리고 개인지방소득세도 별도로 계산됩니다. 지방세법 제93조제3항에 따라 같은 방식으로 공제·연분한 금액에 지방세법 제92조의 개인지방소득세율을 적용합니다. 실제 세액은 초과반환금과 납입연수 등에 따라 달라집니다.