이자소득에 대해 조세특례제한법상 비과세나 특례세율이 적용되는 경우, **농어촌특별세는 ‘이자소득의 14%로 계산한 소득세’에서 실제 납부할 소득세를 뺀 금액의 10%**로 계산합니다. 다만 해당 감면이 농어촌특별세 비과세 대상이면 부과되지 않습니다.
농어촌특별세법 제5조 제1항 제2호·제4항에 따른 계산 구조는 다음과 같습니다.
예를 들어 이자소득이 100만 원이고, 적용되는 특례에 따라 실제 소득세가 9만 원이라면 기준 소득세는 14만 원, 차액은 5만 원입니다. 농어촌특별세는 5만 원 × 10% = 5,000원입니다. 실제 세액은 해당 상품의 특례와 실제 소득세액에 따라 달라집니다.
이자소득이 비과세라고 해서 항상 농어촌특별세가 없는 것은 아닙니다. 조세특례제한법상 비과세·특례세율 적용분은 위 방식으로 계산될 수 있지만, 농어촌특별세법 제4조가 정한 특정 저축·이자소득 감면 등 비과세 대상에 해당하면 농어촌특별세를 부과하지 않습니다. 따라서 상품명만으로 판단하기보다 적용된 조세특례의 조항과 농어촌특별세 비과세 대상 여부를 함께 확인해야 합니다.
농어촌특별세 과세대상인 원천징수 대상 이자소득이라면 원천징수의무자가 농어촌특별세를 징수해 신고·납부합니다. 이 농어촌특별세는 별도 지방세인 지방소득세와 구분되는 세목입니다.