세법 해석 질의를 처음부터 기획재정부 세제실에 하는 것이 일반적인 절차는 아닙니다. 통상 세법 해석 질의는 국세청이 검토해 회신하고, 기획재정부에 제출된 질의도 원칙적으로 국세청으로 이송됩니다. 다만 법령의 취지나 새로운 법령 해석이 필요한 등 정해진 경우에는 기획재정부가 직접 회신할 수 있습니다.
따라서 일반적인 세법 해석 질문은 국세청에 제출하는 것이 기본이고, 기획재정부에 제출하더라도 해당 사안이 직접 회신 대상이 아니면 국세청으로 넘어갈 수 있습니다. 직접 회신 대상 여부는 질의 내용과 쟁점에 따라 달라집니다.
질문이 단순히 법령의 일반적인 의미를 묻는 것이 아니라, 본인의 사업에서 예정한 구체적인 거래의 과세 여부를 확인하려는 것이라면 ‘세법해석 사전답변’ 제도를 검토할 수 있습니다. 실명으로 거래 사실관계를 구체적으로 제시하고 법정 신고기한 전에 질의하는 방식입니다. 답변 내용에 따라 세무처리를 한 경우 그 답변에 반하는 처분을 하지 못하도록 하는 보호 효과가 안내되어 있지만, 실제 보호 범위는 신청한 사실관계와 답변 내용에 맞게 처리했는지에 좌우됩니다.
기존 해석에 대한 다툼이나 사실관계 판단이 중심인 사안은 일반적인 세법 해석 질의와 처리 방식이 다를 수 있습니다. 질의서에는 거래 구조, 계약 내용, 거래 시기, 관련 금액 등 결론에 영향을 주는 사실을 빠짐없이 적고, 아직 거래 전이라면 신고기한이 지나기 전에 사전답변 신청을 검토하시는 편이 좋습니다.