종된 사업장 폐업 시 부가가치세 경정청구는 어느 세무서에 해야 하나요?

종된 사업장이 주사업장 총괄납부 사업장이라면, 그 종된 사업장의 폐업 신고에 따른 부가가치세 경정청구는 원칙적으로 경정 사유가 발생한 종된 사업장의 관할 세무서에 제출하는 것이 맞습니다.

주사업장 총괄납부는 여러 사업장의 부가가치세를 납부만 주사업장에서 합산하는 제도입니다. 사업장별 신고와 경정은 각 사업장별로 처리하므로, 종된 사업장에 관한 환급 누락이나 신고 오류를 바로잡는 경정청구는 해당 종된 사업장 관할 세무서에 냅니다. 경정청구서에는 최초 신고 내용과 경정 후 내용, 청구 이유를 적고 이를 객관적으로 뒷받침하는 자료를 첨부하셔야 합니다.

다만, 종된 사업장이 폐업한 경우에도 폐업 신고와 경정청구를 구분해 처리하셔야 합니다. 폐업에 따른 부가가치세 확정신고는 폐업일이 속한 달의 말일부터 25일 이내에 종된 사업장 관할 세무서에 제출하고, 주사업장 총괄납부 사업자라면 해당 납부세액은 주사업장 관할 세무서에 납부합니다. 이후 폐업 신고의 환급세액 누락 등으로 경정을 청구하는 경우에는 위와 같이 경정 사유가 생긴 사업장 관할을 기준으로 판단합니다.

사업자 단위 과세를 적용 중인 경우에는 주사업장 총괄납부와 처리 관할이 다를 수 있습니다. 사업자 단위 과세는 여러 사업장을 하나의 사업자 단위로 신고·납부하는 방식이므로, 이 경우에는 주사업장 관할 세무서가 관할이 될 수 있습니다. 따라서 신청 전 등록 상태가 ‘주사업장 총괄납부’인지 ‘사업자 단위 과세’인지 구분하시고, 경정청구 기한은 해당 신고의 법정신고기한부터 5년 이내인지도 확인하셔야 합니다.