원천징수 소득세는 이월환급세액으로 차감되더라도, 개인지방소득세는 별도로 계산·정산되므로 지방세 납부세액이 나오는 경우가 있습니다.
소득세 환급액은 원천징수의무자가 이후 납부할 소득세에서 조정해 환급하고, 조정하고도 남으면 다음 달 이후로 이월할 수 있습니다. 개인지방소득세도 특별징수의무자가 이후 납부할 지방소득세에서 조정하는 방식이지만, 지방세는 소득세 환급액과 장부상 잔액을 그대로 가져다 상계하는 것이 아니라 지방세 쪽 환급액과 납부액을 따로 정산합니다.
따라서 두 세목의 환급·이월 잔액이나 당월 납부액이 서로 다르면, 소득세는 이월환급으로 납부하지 않으면서 지방소득세는 납부하는 결과가 생길 수 있습니다. 다만 연말정산 환급처럼 두 세액이 함께 발생하는 경우에는 지방소득세 환급도 별도로 계산되므로, 단순히 두 금액이 다르다는 이유만으로 오류라고 단정할 수는 없습니다.
확인할 때는 원천징수이행상황신고서에서 소득세의 당월 납부·조정환급·차월이월 금액을 보고, 지방소득세 특별징수 내역에서도 해당 월의 납부세액과 조정·환급·이월 내역을 각각 대조하세요. 지방소득세 환급액이 그달 납부할 지방소득세보다 크면 다음 달 이후 납부세액에서 조정하는 것이 원칙입니다. 이후에도 납부할 지방소득세가 없거나, 환급을 원해 신청하는 경우에는 조정 대신 과오납된 지방자치단체에서 환급받는 절차가 적용될 수 있습니다.
소득세 연말정산 환급액이 그달 납부할 소득세보다 많으면 다음 달 이후 소득세에서 조정할 수 있고, 원천징수의무자가 환급신청서를 제출해 초과액 환급을 신청할 수도 있습니다. 개인지방소득세도 별도 환급 신청·정산 절차가 있으므로, 두 세목을 각각 확인하셔야 합니다.
