전기 장부에 같은 세금계산서를 두 번 입력한 것이라면 중복 전표만 취소하고, 실제 거래에 해당하는 비용·매입세액은 한 번만 남기면 됩니다. 다만 세금계산서 자체가 실제로 두 번 발급된 경우에는 장부 정정과 별도로 수정세금계산서 처리가 필요할 수 있습니다.
먼저 중복 전표가 비용과 미지급금·예금 중 어느 계정을 중복 계상했는지 확인하세요. 전기 재무제표가 아직 확정되지 않았다면 전기 장부에서 중복분을 바로잡는 방식이 우선입니다. 전기 재무제표가 확정된 뒤 발견했다면, 오류 금액과 중요성, 회사가 적용하는 회계기준에 따라 당기 회계처리나 기초 이익잉여금 정정 여부를 판단해야 합니다. 구체적인 계정과 시점은 오류가 비용·자산·부채 중 무엇을 과대 계상했는지에 따라 달라집니다.
예를 들어 매입비용과 미지급금을 중복 계상했다면, 중복분을 취소해 비용과 미지급금을 각각 줄입니다. 이미 대금을 지급했다면 상대 계정은 실제 지급·환급 내역에 맞춰 확인해야 합니다. 세금계산서가 정상적으로 한 번 발급됐고 장부 입력만 중복된 것이라면, 세금계산서를 다시 수정발급하는 사안은 아닙니다.
법인세는 익금·손금이 확정된 사업연도에 귀속시키는 것이 원칙입니다(법인세법 제40조). 따라서 전기 중복 비용이 전기 법인세 신고의 손금에도 반영됐다면, 당기 장부에서 취소하는 것만으로 전기 신고까지 자동으로 고쳐지지는 않습니다. 전기 손금이 과다해졌는지 확인하고, 해당 연도의 신고 정정 필요성을 세무사와 검토하세요. 회계상 당기에 전기 오류를 반영하더라도 세무상 귀속연도는 원거래의 확정 시기를 기준으로 별도로 살펴야 합니다.
반대로 실제로 세금계산서가 전자 방식으로 이중 발급됐다면, 부가가치세법 시행령 제70조는 착오에 의한 이중발급을 수정발급 사유로 정하고 있습니다. 이 경우 처음 발급한 내용대로 음(-)의 수정세금계산서를 발급하는 방식이므로, 발급 내역과 부가가치세 신고 반영 여부를 함께 확인하세요. 실제 이중발급인지 단순 장부 중복인지가 처리의 갈림길입니다.