토지정지비용으로 세금계산서를 받은 경우 세액공제가 가능한가요?

토지정지비용이 토지의 형질변경·조성 또는 토지 가치를 높이는 자본적 지출이라면, 세금계산서를 받았더라도 부가가치세 매입세액 공제는 받을 수 없습니다.

부가가치세법 제39조제1항제7호와 같은 법 시행령 제80조는 토지 조성 등에 들어간 매입세액을 공제하지 않도록 정하고 있습니다. 예를 들어 공장부지나 택지를 만들기 위한 정지·성토·절토 공사비는 토지의 취득원가를 이루는 비용으로 보아 관련 부가가치세를 매출세액에서 공제하지 않습니다. 세금계산서를 수취했다는 사실만으로 불공제 대상이 공제 대상으로 바뀌지는 않습니다.

다만 ‘토지정지비’라는 명칭만으로 결론이 정해지는 것은 아니므로 실제 공사 내용과 비용 귀속을 확인해야 합니다. 공장·건물 신축을 위해 토지를 정지한 것인지, 토지 조성과 건물·구축물 공사가 함께 포함되어 있는지 등을 공사계약서·내역서와 세금계산서로 구분해 보세요. 토지 조성분은 불공제 대상이지만, 토지와 구분되는 건물·구축물 공사분은 그 실질과 과세사업 사용 여부에 따라 별도로 판단할 수 있습니다. 공통비용이라면 토지 조성분을 합리적으로 구분해야 합니다.

공제할 수 없는 토지 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 말고, 장부상 토지 취득원가에 포함하는지 확인하시기 바랍니다. 이미 공제받았다면 해당 과세기간 신고 내용을 점검해 수정신고 또는 경정청구 등 필요한 정정 절차를 검토해야 하며, 구체적인 처리와 금액은 공사내역 및 신고 상태에 따라 달라집니다.