특수관계법인에 지급보증 수수료를 낮게 받을 경우 부가가치세 과세표준은 어떻게 정하나요?

특수관계법인에 지급보증 용역을 시가보다 부당하게 낮은 수수료로 제공해 조세 부담을 부당하게 줄인 것으로 인정되면, 부가가치세 과세표준은 실제 받은 수수료가 아니라 용역의 시가로 정합니다.

「부가가치세법」 제29조제4항은 특수관계인에게 용역을 부당하게 낮은 대가로 공급하고 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우, 공급한 용역의 시가를 공급가액으로 보도록 합니다. 따라서 수수료를 낮게 정했다는 사실만으로 곧바로 시가 과세가 되는 것은 아니며, 특수관계인 거래인지, 대가가 부당하게 낮은지, 그 결과 조세 부담이 부당하게 감소하는지를 함께 판단해야 합니다.

시가는 「부가가치세법 시행령」 제62조에 따라 다음 순서로 확인합니다.

1. 해당 사업자가 비특수관계인과 유사한 상황에서 계속 거래한 가격 또는 제3자 간 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격을 우선 적용합니다.
2. 그런 가격이 없으면, 공급받는 특수관계법인이 비특수관계인과 유사한 상황에서 해당 지급보증 용역을 거래한 가격을 살펴봅니다.
3. 앞의 가격이 없거나 시가가 분명하지 않으면 관련 소득세법·법인세법 시행령의 시가 산정 기준을 적용합니다.

예를 들어 유사한 지급보증 거래의 시가가 100이고 실제 수수료가 60이라면, 위 요건을 충족하는 경우 부가가치세 과세표준은 실제 수수료 60이 아니라 시가 100을 기준으로 합니다. 다만 ‘몇 퍼센트 낮으면 부당하다’는 일률적인 기준은 제시되어 있지 않으므로, 보증기간·보증금액·위험과 거래조건이 유사한 비교자료를 바탕으로 판단해야 합니다.

실무에서는 보증계약서, 수수료 산출 근거, 제3자 거래 사례와 거래조건을 보관해 실제 수수료가 시가에 비해 합리적인지 설명할 수 있도록 준비하시는 것이 좋습니다. 거래조건이 크게 다르거나 비교 가능한 가격이 없다면 시가 판단은 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.