종교단체에 상가 임대료를 받을 때 세금계산서 발급 의무가 있나요?

상가를 임대하는 사업자가 과세사업자로 등록되어 있고 일반적인 과세 임대료를 받는 경우에는, 임차인이 종교단체라는 이유만으로 세금계산서 발급 의무가 없어지지 않습니다.

부가가치세가 과세되는 재화·용역을 공급하는 사업자는 원칙적으로 공급받는 자에게 세금계산서를 발급해야 합니다. 종교단체가 면세사업자이거나 고유번호만 가진 단체여도, 그것만으로 임대인의 발급 의무가 면제되지는 않습니다. 따라서 임대차계약과 사업자등록 상태를 확인해 과세 임대료라면 공급 시기에 맞춰 발급하시면 됩니다.

다만 다음은 구분하셔야 합니다.

• 주택 임대와 달리 상가 임대료는 일반적으로 과세 거래입니다. 실제 임대료에 부가가치세가 별도로 약정되어 있는지도 계약서에서 확인하세요.
• 임대보증금에 대해 계산하는 간주임대료 부분은 실제 임대료와 다릅니다. 제공된 기준상 간주임대료에 대해서는 세금계산서를 발급하지 않습니다.
• 해당 공급이 부가가치세 면세 거래라면 세금계산서 발급 대상이 아닙니다. 다만 질문처럼 상가 임대라면 통상적인 과세 임대와 간주임대료를 나누어 판단해야 합니다.

따라서 임대인이 과세사업자로서 상가를 임대하고 실제 임대료를 받는 통상적인 경우라면 종교단체에 세금계산서를 발급하는 것이 원칙입니다. 임대인이 면세사업자인지, 과세사업자인지와 임대료·보증금 항목이 계약서에 어떻게 구분되어 있는지를 확인하시면 됩니다.