직무수당은 원칙적으로 비과세가 아니라 과세대상 근로소득입니다. 직무를 맡거나 수행하는 대가로 받는 수당은 소득세법 시행령 제38조제1항제3호의 직무수당 등 유사한 급여에 포함됩니다.
다만 명칭이 아니라 실제 지급 성격으로 판단합니다. 직무수당이라는 이름을 붙였더라도 법령상 별도의 비과세 항목 요건을 실제로 충족하는 금액이라면 그 요건에 따라 처리할 수 있지만, 단순히 자격·직책·업무 수행에 대한 대가로 정기 지급하는 수당은 보통 과세됩니다. 급여명세서에 비과세로 표시하는 것만으로 비과세가 되지는 않습니다.
따라서 일반적인 직무수당은 근로소득에 포함해 원천징수하고 연말정산하는 것이 원칙입니다.