공사금액이 항상 직접비 + 간접비 + 부가가치세로만 정해지는 것은 아닙니다. 다만 과세 대상 공사의 계약금액을 부가세 별도 기준으로 정했다면, 일반적으로 공급가액(계약상 공사대가)에 부가가치세를 더한 금액이 발주자가 지급하는 총액입니다.
여기서 직접비와 간접비는 공사원가를 나누는 방식이고, 부가가치세는 그 원가 항목에 넣는 비용이 아니라 과세 대상 공급가액에 별도로 계산하는 세금입니다. 공급가액에는 직접비·간접비라는 명칭과 관계없이 공사 제공의 대가로 받는 금액이 포함될 수 있으므로, 계약 내역서에서 공급가액을 어떻게 구성했는지 확인하셔야 합니다(부가가치세법 제29조제3항, 제37조제1항).
따라서 계약서의 공사금액이 ‘공급가액’인지 ‘부가세 포함 총액’인지 먼저 확인하시고, 내역서의 직접비·간접비 합계와 부가세 표시가 그 기준에 맞는지 대조하시면 됩니다. 면세 거래라면 부가가치세를 별도로 더하는 일반적인 과세 계산과 달라질 수 있습니다.