일반 상품을 매입해 매출세액보다 매입세액이 커진 경우라도, 상품매입만을 이유로 부가가치세 조기환급을 신고할 수는 없습니다. 다만 같은 신고기간에 영세율 매출, 조기환급 대상 사업설비 투자 또는 재무구조개선계획 이행 중 하나에 해당하면 조기환급 신고가 가능하고, 그때는 상품 매입 관련 매입세액도 환급세액 계산에 포함될 수 있습니다.
부가가치세법 제59조제2항은 조기환급 사유를 다음과 같이 정하고 있습니다.
따라서 재고로 판매할 상품을 통상적으로 매입한 것뿐이라면, 매입세액이 크거나 환급세액이 발생했다는 사정만으로는 조기환급 대상이 되지 않습니다. 이런 환급세액은 통상 확정신고 후 환급 절차를 따릅니다.
반면 위 조기환급 사유 중 하나가 해당 신고기간에 있으면, 해당 사업장의 매출세액에서 매입세액을 공제해 환급세액을 계산할 때 상품 매입 등 다른 매입세액도 함께 반영할 수 있습니다. 즉, 상품 매입분만 따로 조기환급되는 것이 아니라 사업장별로 매출·매입을 합산해 계산합니다.
조기환급은 예정신고기간 또는 과세기간 마지막 3개월 중 매월이나 매 2개월을 조기환급기간으로 정해 신고할 수 있습니다. 신고기한은 조기환급기간이 끝난 날부터 25일 이내이고, 세무서는 원칙적으로 그 신고기한이 지난 후 15일 이내 환급해야 합니다. 신고서와 함께 세금계산서합계표 등 관련 서류를 제출해야 하며, 시설투자 사유라면 감가상각자산 취득명세서도 첨부해야 합니다. 일반 상품 매입만 있는 경우에는 조기환급 대신 해당 과세기간의 확정신고에서 환급세액을 신고하는 방식이 일반적입니다.