근태공제가 무급 결근·지각 등으로 실제 급여가 줄어든 것이라면, 줄어든 금액은 연말정산 총급여에도 반영되어 총급여가 낮아집니다. 다만 이미 확정된 급여에서 별도 금액을 공제한 경우라면 총급여가 줄지 않을 수 있습니다.
연말정산의 총급여액은 해당 과세기간에 받은 근로소득에서 비과세소득을 뺀 금액입니다. 따라서 근태공제로 급여 자체가 감액되어 지급되거나 받을 권리가 줄었다면, 감액 후의 급여가 연간 근로소득에 반영됩니다. 월별 근태공제액을 따로 더해 빼는 것이 아니라, 해당 연도에 지급했거나 지급할 근로소득을 합산해 총급여액을 정합니다.
반대로 급여가 먼저 확정된 뒤 세금·보험료나 다른 항목을 급여에서 차감한 것이라면, 통장에 들어온 실수령액이 줄어도 그 차감액만큼 총급여가 낮아지는 것은 아닙니다. 급여명세서에서 근태공제가 과세대상 급여를 감액한 항목인지, 급여 확정 후 차감한 항목인지 구분해 보시면 됩니다.
총급여액은 근로소득공제와 각종 공제를 계산하는 출발점이므로, 실제 급여 감액은 연말정산 계산에도 반영됩니다. 다만 최종 소득세 차이는 연간 총급여와 공제·세액공제 등을 함께 계산해야 알 수 있으며, 줄어든 급여액에 일정 세율을 곱해 바로 확정되는 것은 아닙니다.