종교용지를 수익사업에 사용하면 세금은 어떻게 부과되나요?

종교용지를 수익사업에 사용하면 그 사업에 사용되는 부동산 부분은 종교단체의 재산세 면제 대상에서 제외되고, 수익사업에서 생긴 소득에도 단체 유형에 따라 소득세 또는 법인세가 과세될 수 있습니다.

재산세 등 지방세특례제한법 제50조제2항은 종교단체나 향교가 과세기준일 현재 종교·제사 목적 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해 재산세와 지역자원시설세를 면제합니다. 다만, 수익사업에 사용하는 재산, 유료로 사용하는 재산, 또는 일부만 목적사업에 직접 쓰는 경우 그 해당 부분은 면제되지 않습니다. 따라서 건물이나 토지의 일부만 임대·영업 등에 사용한다면 원칙적으로 그 사용 부분을 구분해 과세 여부를 판단합니다. 실제 면적 구분과 사용 형태가 불명확하면 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.

여기서 수익사업 여부는 명칭보다 실제 활동과 대가 수취 여부가 중요합니다. 비영리법인의 수익사업에는 대가를 받고 계속적으로 하는 사업 등이 포함됩니다. 다만 주무관청에 등록된 종교단체가 부가가치세 면제 대상 종교용역을 공급하는 사업은 법인세법 시행령상 수익사업에서 제외될 수 있습니다. 반대로 부동산 임대처럼 계속적으로 운영하면서 대가를 받는 활동은 수익사업으로 판단될 수 있습니다.

수익사업 소득에 대한 세금 종교단체가 법인이면 수익사업에서 발생한 소득에 법인세가, 개인인 단체이면 소득세가 과세될 수 있습니다. 수익사업의 매출·비용과 고유목적사업의 수입·지출을 구분해 기록하고, 수익사업에 해당하는 부분을 따로 계산해야 합니다. 재산세 면제 여부와 소득에 대한 세금은 별도로 판단합니다.

재산세 감면 특례를 제한하는 규정에도 지방세특례제한법 제50조 감면은 예외로 열거되어 있어, 이 감면에 일률적으로 85% 감면율 제한을 적용하는 것은 아닙니다. 다만 수익사업 등에 사용하여 제50조의 면제 요건을 충족하지 못하는 부분까지 면제되는 것은 아닙니다.

실무에서는 과세기준일 현재의 실제 사용 현황, 임대·이용료 계약과 수입 내역, 공간별 사용 면적을 확인하고, 종교활동용과 수익사업용 회계·증빙을 구분해 두시는 것이 중요합니다. 부가가치세 과세 여부는 공급하는 재화·용역과 거래 형태에 따라 달라지므로, 수익사업이라는 이유만으로 모든 거래에 부가가치세가 붙는다고 단정할 수는 없습니다.