법인이 직원(근로자)의 자녀 학자금을 지원하면 원칙적으로 직원의 근로소득으로 과세됩니다. 회사가 직원에게 현금으로 주는지, 학교에 직접 납부하는지와 관계없이 자녀의 학비를 대신 부담해 직원에게 경제적 이익을 제공한 것으로 보기 때문입니다.
「소득세법」 제20조는 근로 제공의 대가인 급여뿐 아니라 근로소득과 비슷한 성질의 금품도 근로소득으로 봅니다. 같은 법 시행령 제38조제1항제2호는 근로자가 받는 학자금·장학금뿐 아니라 근로자의 자녀가 사용자에게서 받는 학자금·장학금도 근로소득에 포함한다고 정하고 있습니다. 따라서 회사의 학자금 지원 규정이 있거나 지원액을 학교에 바로 지급하더라도, 자녀 학자금이라는 이유만으로 비과세가 되지는 않습니다.
다만 다음처럼 구분할 필요가 있습니다.
과세 대상인 지원액은 급여에 포함해 근로소득세를 원천징수하고 연말정산에 반영하는 것이 일반적입니다. 원천징수는 소득세와 지방소득세를 구분해 처리해야 합니다. 회사는 학자금 지급 규정, 지급 대상·금액, 학교 납입 내역과 실제 지급 주체를 보관해 과세 여부를 구분하시기 바랍니다.