과세사업자로 등록했다는 이유만으로 승용차 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 아닙니다. 차량 종류와 실제 사용처가 공제 여부를 결정하며, 비영리단체도 같은 기준을 적용받습니다.
부가가치세법상 자기 사업에 사용하기 위한 매입세액은 원칙적으로 공제되지만, 개별소비세 과세대상 승용차의 구입·임차·유지 관련 매입세액은 공제되지 않습니다. 따라서 단체가 과세사업을 하더라도 해당 승용차를 사거나 빌린 비용의 부가가치세를 공제할 수 없는 경우가 일반적입니다. 과세사업자 등록이나 차량을 업무용으로 사용한다는 사실만으로 이 제한이 없어지지는 않습니다.
다만, 운수업·자동차판매업·자동차임대업·운전학원업 등에서 차량을 사업에 직접 영업용으로 사용하는 경우에는 예외적으로 공제될 수 있습니다. 단체의 차량을 구성원 이동이나 일반적인 업무에 사용하는 것과, 해당 업종의 영업에 직접 투입하는 것은 구별해야 합니다.
또한 개별소비세 과세대상이 아닌 차량이라면 공제 가능성이 있지만, 이 경우에도 단체의 과세사업을 위해 사용해야 하고 적법한 세금계산서 등 증빙을 갖춰야 합니다. 차량을 면세사업이나 비과세 활동에도 함께 사용하고 매입세액을 구분할 수 없다면, 과세·면세 사용 비율 등에 따라 안분해야 합니다.
따라서 먼저 차량이 개별소비세 과세대상인지 확인하고, 과세대상이라면 단체의 업종과 차량의 직접 영업 사용이 예외에 해당하는지 검토하셔야 합니다. 비영리단체가 과세사업과 면세사업을 함께 하는 경우에는 차량의 실제 사용 내역과 매입세금계산서를 함께 확인해 공제액을 판단하는 것이 안전합니다.