일반근로자의 근로소득세는 회사가 급여를 지급할 때마다 근로소득 간이세액표에 따라 미리 원천징수하고, 다음 해 2월 급여를 지급할 때 연말정산으로 실제 세액을 정산하는 방식입니다.
매월 급여 지급 때 회사는 급여와 공제대상 가족 수 등을 기준으로 간이세액표의 소득세를 급여에서 원천징수합니다. 근로자는 간이세액표 금액의 80%, 100%, 120% 중 하나를 선택할 수 있고, 별도 신청이 없으면 100%를 적용합니다. 변경하려면 원천징수세액 조정신청서를 내거나 소득·세액 공제신고서에 원하는 비율을 적어 회사에 제출하면 됩니다. 변경 비율은 신청서를 낸 뒤 지급하는 급여부터 해당 과세기간 말까지 적용됩니다.
회사의 납부 회사는 원천징수한 소득세를 원천징수 신고·납부 절차에 따라 납부합니다. 일반적인 월별 납부자는 급여를 지급한 다음 달 10일까지 납부하며, 반기별 납부 승인을 받은 경우에는 상반기분은 7월 10일, 하반기분은 다음 해 1월 10일까지 납부합니다. 원천징수되는 것은 소득세이며, 지방소득세는 별도로 함께 처리됩니다.
연말정산 회사는 해당 과세기간의 급여와 공제 내용을 반영해 실제 세액을 계산하고, 그동안 원천징수한 세액과 비교합니다. 보통 다음 해 2월분 급여를 지급할 때 정산하며, 미리 낸 세금이 많으면 환급하고 부족하면 추가로 징수합니다. 근로자는 공제를 신청하려면 소득·세액 공제신고서와 필요한 자료를 회사에 제출해야 합니다. 퇴직자는 퇴직하는 달의 급여를 정산할 때 처리합니다.
간이세액표는 매월 미리 걷는 세금을 정하는 기준이고, 최종 세금은 연말정산에서 결정됩니다. 따라서 80%를 선택하면 매월 원천징수액은 줄지만 연말정산 때 추가 납부액이 커질 수 있고, 120%를 선택하면 반대 방향으로 달라질 수 있습니다. 두 곳 이상에서 근로소득을 받는 경우에는 주된 근무지와 종된 근무지를 정하고, 연말정산 때 근로소득을 합산하는 절차가 적용될 수 있습니다.

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