면세 대상인데 영세율세금계산서로 잘못 발행한 경우 어떻게 수정해야 하나요?

실제로 면세 거래라면 잘못 발급한 영세율 전자세금계산서를 음(-)의 수정세금계산서로 취소하고, 면세 거래에 맞는 계산서를 발급하시면 됩니다.

면세와 영세율은 다릅니다. 영세율은 부가가치세 과세 거래에 0% 세율을 적용하는 것이고, 면세는 부가가치세 과세 대상에서 제외되는 거래입니다. 따라서 면세 거래에 영세율 세금계산서를 발급했다면 세금계산서 발급 자체를 바로잡아야 합니다.

수정세금계산서는 ‘면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우’로 처리합니다. 처음 발급한 세금계산서의 내용대로 음(-) 표시를 한 수정세금계산서 1장을 발급해 취소하고, 거래가 실제 면세에 해당한다면 그 거래에 맞는 면세 계산서를 별도로 발급하세요. 이 수정 사유는 당초 작성일을 기준으로 취소하는 방식이며, 환입·계약해제처럼 사유 발생일을 작성일로 삼는 경우와 다릅니다.

수정세금계산서 발급 사유와 절차는 부가가치세법 제32조제7항 및 같은 법 시행령 제70조제1항제8호에 규정되어 있습니다. 다만, 면세 계산서의 발급 의무나 예외는 거래 종류에 따라 달라질 수 있으므로, 해당 공급이 정말 면세인지와 계산서 발급 대상인지도 함께 확인하셔야 합니다. 면세가 아니라 과세 거래였다면 위 절차를 그대로 적용하지 말고, 잘못 적용한 세율을 바로잡는 수정 발급 사유인지 따져야 합니다.

수정 발급 후에는 당초 신고에 영세율 매출이 반영됐는지 확인해 신고 내용도 함께 정리하세요. 수정 발급이 늦어졌거나 신고기한이 지난 경우에는 신고를 수정하거나 경정청구할 필요가 있는지 검토해야 하며, 발급 시기와 신고 영향에 따라 가산세 문제가 달라질 수 있습니다.