세금계산서를 발급한 뒤 할인액이 확정되어 공급가액이 줄었다면, 할인 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 할인액만큼 음(-)의 수정세금계산서를 발급하시면 됩니다.
이는 당초 거래를 잘못 발급한 경우가 아니라, 발급 후 공급가액이 달라진 경우에 해당합니다. 「부가가치세법 시행령」 제70조제1항제3호에 따라 증감 사유가 생긴 날을 작성일자로 적고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨 또는 음(-)의 표시로 작성합니다. 비고란에는 처음 세금계산서의 작성일을 덧붙여 적습니다.
발급기한은 할인 사유가 발생한 달의 다음 달 10일까지입니다. 예를 들어 5월 거래의 할인액이 7월에 확정됐다면, 7월의 할인 사유 발생일을 작성일자로 하여 할인액만큼 음(-)으로 수정 발급하고, 그 금액은 7월이 속하는 과세기간의 부가가치세 신고에 반영합니다. 따라서 이 경우에는 통상 당초 5월 거래 신고를 수정하는 것이 아니라, 할인 사유가 발생한 과세기간에 반영합니다.
다만, 할인 결정이 실제로 공급가액을 낮추는 사유인지 확인해야 합니다. 단순한 지급 지연 보상이나 별도 용역 대가 등이라면 처리 방식이 달라질 수 있습니다. 수정세금계산서를 정해진 사유와 방법에 맞게 발급하더라도, 신고·납부를 잘못한 경우의 가산세 문제는 별도로 검토해야 합니다.