부가가치세 기한 후 신고 후 매출누락을 발견한 경우 어떤 방식으로 수정신고를 해야 하나요?

기한 후 신고를 이미 제출한 뒤 매출누락을 발견했다면, 보통은 새 기한 후 신고를 다시 하는 것이 아니라 기존 기한 후 신고에 대한 수정신고서를 제출해 바로잡고, 추가 납부세액을 함께 납부하시면 됩니다.

「국세기본법」 제45조에 따라 기한 후 과세표준신고서를 제출한 사람도 신고한 과세표준·세액이 실제보다 적거나 환급세액을 실제보다 많이 신고한 경우 수정신고를 할 수 있습니다. 다만 세무서가 해당 부가가치세를 결정·경정해 통지하기 전이고, 국세 부과제척기간이 끝나기 전이어야 합니다. 이미 결정·경정 통지를 받았다면 수정신고로 처리할 수 있는 단계인지 별도로 확인해야 합니다.

바로잡는 순서

1. 누락한 매출을 반영해 해당 과세기간의 부가가치세 과세표준과 매출세액을 다시 계산합니다.
2. 당초 기한 후 신고 내용과 수정 내용을 비교해 수정신고서를 제출합니다. 전자신고를 했다면 전자신고 방식으로 수정신고를 할 수 있습니다.
3. 수정 결과 추가로 납부할 세액이 있으면 수정신고와 함께 납부합니다. 이미 낸 세액이 부족하면 부족액뿐 아니라 적용되는 가산세도 함께 검토해야 합니다.

처음 기한 후 신고가 환급으로 되어 있었더라도, 그 신고만으로 매출누락이 바로잡힌 것은 아닙니다. 수정신고 결과 납부세액이 발생하는지, 환급을 실제로 받았는지에 따라 정산 내용이 달라질 수 있으므로 신고서의 환급 기재액과 실제 환급받은 금액을 구분해 확인하세요.

가산세는 최초 신고가 법정기한 후 제출된 기한 후 신고였다는 점과 수정 시점, 세무서가 이미 결정·경정에 착수했는지 등에 따라 달라질 수 있습니다. 따라서 처음 신고가 환급이었다는 이유만으로 과소신고가산세나 무신고가산세 중 하나가 당연히 적용된다고 단정하기는 어렵습니다. 수정신고 전에 해당 과세기간의 신고서·납부내역과 세무서 통지 여부를 함께 대조하시는 것이 안전합니다.