비과세 요건은 갖췄지만 정해진 한도만 초과한 경우에는 초과한 금액이 과세 근로소득으로 처리됩니다. 다만 수당의 비과세 요건 자체를 충족하지 못하면 지급액 전부가 과세될 수 있습니다.
예를 들어 비과세 한도가 있는 수당을 요건에 맞게 지급했지만 한도를 넘겼다면, 한도 이내 금액은 비과세로 두고 초과액을 급여에 포함합니다. 반대로 실제 업무비용을 보전한 것이 아니거나, 대상자·지급기준 등 비과세 요건이 맞지 않으면 한도 이내 금액도 비과세로 인정되지 않을 수 있습니다. 수당 이름만으로 비과세가 결정되는 것은 아닙니다.
과세되는 금액은 근로소득에 포함해 급여 원천징수에 반영합니다. 매월 급여를 지급할 때는 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 원천징수하고, 연말정산 때 해당 연도의 근로소득과 공제 등을 반영해 최종 세액을 다시 계산합니다. 월별 원천징수액은 최종 세액과 다를 수 있으며, 연말정산 결과에 따라 추가 납부하거나 환급받을 수 있습니다. 지방소득세도 소득세와 별도로 확인하셔야 합니다.
사업장에서는 지급대장에 수당 총액, 비과세 적용액, 과세로 돌린 초과액을 구분해 기록하고, 지급기준·업무 관련성·실제 지출 증빙을 함께 보관하는 것이 좋습니다. 이미 비과세로 처리한 금액이 요건을 충족하지 못한 것으로 확인되면 급여 원천징수와 연말정산 자료를 바로잡아야 할 수 있습니다. 소득세법 제20조는 근로 제공의 대가인 급여·수당을 근로소득으로 규정하고, 제12조는 비과세되는 근로소득을 따로 정합니다.
