종합과세 차원에서 배당소득이 2,000만원 이하일 때 분리과세가 되는 것이지, 소득에 포함되지 않는 것은 아닌지 궁금합니다.

맞습니다. 배당소득이 발생한 사실 자체가 없어지는 것은 아닙니다. 다만 종합과세 기준에 해당하지 않으면 그 배당소득을 다른 종합소득과 합산하지 않고, 원천징수로 과세가 끝나는 분리과세로 처리할 수 있습니다.

일반적으로는 비과세·분리과세 금융소득을 제외한 이자소득과 배당소득의 합계가 연 2,000만 원 이하이고, 해당 소득에 원천징수가 된 경우 소득세법 제14조에 따라 종합소득 과세표준에 합산하지 않습니다. 따라서 “소득에 포함되지 않는다”기보다는 배당소득에는 해당하지만 종합소득세 계산에 합산되지 않는다고 이해하시면 정확합니다.

예를 들어 원천징수된 배당소득이 있고 해당 기준에 해당하면, 그 배당소득은 종합소득세 신고에서 다른 소득과 합산해 다시 세율을 적용하는 대상이 아닙니다. 다만 국내에서 원천징수되지 않은 국외 배당 등은 2,000만 원 이하라도 처리 방식이 달라질 수 있고, 출자공동사업자의 배당처럼 별도 규정이 적용되는 소득도 있으므로 단순히 배당액만으로 판단하지는 않습니다. 기준은 배당소득만이 아니라 이자소득과 배당소득을 합한 금융소득입니다.