법인이 법원행정처에 직접 납부한 등기신청 수수료·인지대 등이라면 부가가치세 매입세액공제 대상이 아닙니다. 법인이라는 이유만으로 공제되는 것은 아니며, 해당 납부액에 공제할 부가가치세액이 포함되어 있지 않기 때문입니다.
매입세액공제는 사업에 사용할 재화·용역을 공급받고 부담한 부가가치세가 있어야 합니다. 따라서 법원에 낸 등기 관련 수수료 자체는 부가가치세 매입세액으로 공제하지 않습니다. 납부확인서나 영수증만으로 부가가치세가 따로 표시되지 않은 금액을 매입세액으로 처리할 수도 없습니다.
다만 등기 절차를 맡긴 법무사 등에게 지급한 대행·용역 수수료는 법원 납부액과 구분해 보셔야 합니다. 그 수수료에 부가가치세가 별도로 표시된 적법한 세금계산서를 받았고, 법인의 과세사업과 관련된 지출이며 불공제 항목에 해당하지 않는다면 그 부가가치세는 공제할 수 있습니다. 세금계산서가 없거나 사업과 직접 관련이 없는 비용이면 공제가 제한될 수 있습니다.
장부 처리 때는 법원에 직접 낸 금액을 매입세액으로 분리하지 말고 관련 등기비용으로 처리하시고, 대행 수수료는 법원 납부액과 별도로 증빙을 확인하시면 됩니다.