토지소유주가 아닌 경우 공사 외주에서 발생한 토목설계비도 공제가 불가능한가요?

토지 소유주가 아니라는 이유만으로 토목설계비의 부가가치세 매입세액 공제가 자동으로 막히지는 않습니다. 그 설계비가 토지 자체를 조성하거나 토지 가치를 높이는 데 쓰였는지, 아니면 과세사업에 사용할 건물을 짓기 위한 비용인지가 중요합니다.

부가가치세법상 사업에 사용하기 위해 공급받은 용역의 매입세액은 공제할 수 있지만, 토지의 취득·형질변경·부지 조성 등 토지의 가치를 높이고 취득원가를 구성하는 지출에 관한 매입세액은 공제되지 않습니다(부가가치세법 제38조제1항제1호, 제39조제1항제7호 및 같은 법 시행령 제80조).

• 토지 조성 목적의 토목설계: 대지 조성, 형질변경, 택지·공장부지 조성 등 토지 자체의 가치를 높이는 공사에 직접 관련된 설계비라면, 토지 소유 여부와 별개로 토지 관련 매입세액으로 보아 공제받기 어렵습니다.
• 건물 신축을 위한 설계: 토지 조성이 아니라 과세사업에 사용할 건물의 설계·시공에 필요한 용역이라면, 사업 관련성과 실제 사용처가 확인되는 경우 공제 가능성이 있습니다. 타인 소유 토지에서 공사를 했다는 사실만으로 공제를 배제할 수는 없습니다.
• 토지 조성과 건물 공사가 섞인 경우: 설계 업무와 비용을 구분할 수 있다면 각각의 실질에 따라 처리하고, 구분하기 어려우면 공통비용의 귀속·안분을 검토해야 합니다. 과세사업과 면세사업에 함께 쓰는 공통 매입세액은 실지귀속을 우선 확인하고, 구분할 수 없으면 면세공급가액 비율로 안분합니다.

따라서 계약서·설계용역 내역서, 공사도급계약서, 설계도면, 토지 사용승낙 내용 등을 통해 설계비가 토지 조성분인지 건물 신축분인지를 구체적으로 나누어 보시는 것이 좋습니다. 공제 가능한 부분도 사업에 실제 사용되고 적법한 세금계산서를 받는 등 기본 요건을 갖춰야 합니다. 여기서 말하는 공제는 부가가치세 매입세액 공제 기준이며, 양도소득세 필요경비 인정 여부를 뜻하신 것이라면 별도로 판단해야 합니다.