적격 매입 증빙이 있지만 부가세 공제를 받지 않고 종합소득세 신고 시에만 비용으로 반영하는 것이 유리한가요?

적격 매입이라면 부가세 공제를 일부러 포기하고 그 부가세까지 종합소득세 필요경비로 돌리는 방식은 일반적으로 인정되지 않습니다. 부가세 공제와 종합소득세 비용처리는 서로 대신 선택하는 제도가 아닙니다.

앞서 말씀하신 부가세 포함 880만원을 같은 거래로 보면, 공급가액 800만원과 부가세 80만원으로 나뉩니다. 매입세액 공제 요건을 갖춘 사업용 매입이라면 보통 부가세 신고에서 80만원을 공제하고, 종합소득세에서는 공급가액 800만원을 필요경비로 반영합니다. 부가세 공제를 청구하지 않았다는 이유만으로 880만원 전부를 필요경비로 처리할 수 있는 것은 아닙니다.

소득세법 제33조는 부가가치세 매입세액을 원칙적으로 필요경비에 넣지 않도록 하고, 시행령에서 정한 일부 예외만 인정합니다. 예외에는 예를 들어 불공제 대상 승용차 관련 매입세액이나 기업업무추진비 관련 매입세액, 영수증 거래에 포함된 공제 불가 매입세액 등이 있습니다. 따라서 법적으로 공제할 수 있는 매입세액을 단순히 신고에서 누락한 경우와 법령상 공제할 수 없는 매입세액은 구분해야 합니다.

실무상으로는 세금계산서 등 증빙, 사업 관련성, 불공제 사유가 있는지를 확인한 뒤 장부에 반영하셔야 합니다. 공제 가능한 매입세액을 이미 신고에서 빼먹었다면, 그 금액을 곧바로 종합소득세 비용으로 바꾸기보다 부가세 신고 정정 가능성을 먼저 검토하는 편이 맞습니다. 정정 기한과 절차는 해당 과세기간 및 신고 상황에 따라 확인해야 합니다.