건강보험공단 웹 EDI를 통한 전자 제출은 가능하지만, 제출할 수 있는 신고·서류는 업무별로 다릅니다. 따라서 제출하려는 서류가 해당 EDI 업무에 포함되는지 먼저 확인하셔야 합니다.
건강보험공단 사업장 회원으로 가입한 뒤 EDI 서비스에서 인증서를 등록하면 이용할 수 있습니다. 안내된 기본 절차는 다음과 같습니다.
국민연금 보험료의 전자고지는 별도 절차입니다. 전자고지를 신청하거나 변경·철회하려면 신청서를 공단에 내야 하고, 신청이 접수된 날의 다음 날부터 적용됩니다. 이는 보험료 고지 방법에 관한 내용이므로, 일반적인 신고서 제출과는 구분해서 보셔야 합니다.
EDI에서 해당 서류를 제출할 수 없거나 전자 제출 대상인지 확인되지 않는 경우에는, 그 서류의 담당 기관이 정한 제출 방법을 따르셔야 합니다. EDI 이용 가능 여부만으로 모든 신고서가 전자 제출된다고 볼 수는 없습니다.

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