사업자 단위 과세를 적용해도 종된 사업장별 손익을 내부적으로 구분해 관리할 수 있으며, 부가가치세 신고·납부를 본점에서 통합하는 것과 사업장별 손익을 따로 파악하는 것은 별개의 문제입니다.
사업자 단위 과세는 여러 사업장을 본점 또는 주사무소의 사업자등록번호로 등록하고, 부가가치세 납세지를 본점 또는 주사무소로 두는 제도입니다. 제도 자체가 종된 사업장별 매출·비용을 장부에서 합쳐 기록하라고 정하는 것은 아닙니다. 다만 제공된 규정에는 사업자 단위 과세 사업자의 종된 사업장별 손익을 나누는 별도 배부 공식이나 의무적인 안분 기준은 제시되어 있지 않습니다.
실무상 손익을 비교하려면 다음과 같이 관리하시는 것이 좋습니다.
부가가치세 신고는 사업자 단위 과세에 따라 본점 또는 주사무소에서 처리합니다. 반면 종된 사업장별 손익자료를 내부적으로 작성하더라도 그 자료가 곧 별도 사업자등록이나 별도 부가가치세 신고를 뜻하지는 않습니다. 사업자 단위 과세 적용 사업장이나 종된 사업장의 소재지·운영 내용이 바뀌는 경우에는 사업자등록 정정 대상인지도 함께 확인하셔야 합니다.
법인이라면 사업장별 손익을 관리하는 내부 장부와 법인세 신고상 구분경리 의무는 구분해서 보셔야 합니다. 구분경리 의무는 감면사업·비영리법인의 수익사업 등 별도의 요건이 있는 경우에 문제될 수 있으며, 단지 부가가치세 사업자 단위 과세를 적용한다는 이유만으로 사업장별 법인세 신고가 필요하다고 볼 수는 없습니다.